Estabelece o art.º 128.º, n.º 2, do Código Penal (C.P.) que a amnistia extingue o procedimento criminal e, no caso de já ter havido condenação, faz cessar a execução tanto da pena e dos seus efeitos como da medida de segurança.

Quanto ao perdão genérico, estabelece o art.º 128.º, n.º 3, do C.P., que o mesmo extingue a pena, no todo ou em parte.

Assim, tendo em conta os diferentes efeitos da amnistia e do perdão genérico, se relativamente a uma mesma infração penal pela qual tenha sido aplicada uma pena, concorrerem a amnistia e o perdão, a questão da aplicação do perdão acaba por não se colocar, pois a aplicação da amnistia é operação prioritária que vai deixar aquele sem objeto. Ou seja, a amnistia prefere sempre à aplicação do perdão.